Jilid II Tafsir al-Azhar berlanjut dengan tafsir lanjutan Surat al-Baqarah hingga selesai Surat Ali Imran. Pada bagian ini, HAMKA semakin menegaskan pesan-pesan perjuangan dan keteguhan iman. Surat Ali Imran yang berbicara tentang Perang Uhud dijadikan cermin besar untuk bangsa. HAMKA menggambarkan bagaimana sebagian sahabat Rasulullah terjebak dalam ketamakan, sehingga meninggalkan posisi strategis di medan perang. Dari sini, umat Islam diperingatkan bahwa kekalahan bukan semata karena lemahnya strategi militer, melainkan akibat lemahnya iman dan goyahnya persatuan.
HAMKA menghubungkan peristiwa itu dengan perjalanan sejarah bangsa Indonesia. Menurutnya, kemerdekaan Indonesia bisa diraih bukan karena senjata semata, tetapi karena persatuan hati, semangat kebangsaan, dan keberanian rakyat dalam melawan penjajahan. Ia menulis tafsir ini di saat bangsa masih muda dalam usia kemerdekaan, sehingga pesan Qur’ani tentang persatuan umat benar-benar relevan. Ia menekankan bahwa apabila umat tercerai-berai karena kepentingan pribadi atau kelompok, maka kelemahan dan kekalahan akan menghantui. Selain itu, HAMKA menyoroti dialog Qur’an dengan Ahli Kitab, yang mengajarkan umat Islam untuk berdialog dengan adab, namun tetap teguh dalam akidah.